เมื่อวันที่ 20-21 กันยายน 2560 คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้จัดโครงการประเมินคุณภาพการศึกษาภายในระดับคณะ ประจำปีการศึกษา 2559 โดยเป็นการประเมินถึงหลักสูตรการจัดการเรียนการสอน และการบริหารจัดการภายในของคณะวิทยาศาสตร์ โดยได้รับเกียรติจาก รองศาสตราจารย์ ดร.ดุษณี ธนะบริพัฒน์ คณบดีคณะวิทยาศาสตร์ สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณมทหารลาดกระบัง ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานกรรมการตรวจประเมิน โดยมีกรรมการเข้าร่วมการประเมินอีก 2 ท่าน คือ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.อรระวี คงสมบัติ รองคณบดีฝ่ายวิจัยและประกันคุณภาพการศึกษา คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร และ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ปาจรีย์ ทองสนิท อาจารย์ประจำคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ซึ่งการประเมินของคณะกรรมการ จะประเมินจาการสัมภาษณ์ ผู้บริหาร หัวหน้าภาควิชา คณะกรรมการประจำคณะ และสัมภาษณ์ในส่วนของตัวแทนอาจารย์ผู้สอน ผู้แทนบุคลากรสายสนับสนุน ผู้แทนนิสิตปัจจุบัน และศิษย์เก่า จากนั้นจะเป็นการตรวจสอบเอกสารการประเมินโดยคณะกรรมการ เพื่อสรุปผลและนำเสนอผลการประเมินและข้อเสนอแนะต่อผู้บริหารต่อไป