เมื่อวันที่ 4 - 5 กันยายน 2561 คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้จัดโครงการประเมินคุณภาพการศึกษาภายในระดับคณะ ประจำปีการศึกษา 2560 โดยเป็นการประเมินถึงหลักสูตรการจัดการเรียนการสอน และการบริหารจัดการภายในของคณะวิทยาศาสตร์ โดยได้รับเกียรติจาก รศ. พิษณุ เจียวคุณ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานกรรมการตรวจประเมิน โดยมีกรรมการเข้าร่วมการประเมินอีก 2 ท่าน คือ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.สุรเชษฐ์ กานต์ประชา คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร และผู้ช่วยศาสตราจารย์ จักรกฤษณ์ สถาปนศิริ คณะนิติศาสตร์ มหวิทยาลัยนเรศวร ซึ่งการประเมินของคณะกรรมการ จะประเมินจาการสัมภาษณ์ ผู้บริหาร หัวหน้าภาควิชา คณะกรรมการประจำคณะ และสัมภาษณ์ในส่วนของตัวแทนอาจารย์ผู้สอน ผู้แทนบุคลากรสายสนับสนุน ผู้แทนนิสิตปัจจุบัน และศิษย์เก่า จากนั้นจะเป็นการตรวจสอบเอกสารการประเมินโดยคณะกรรมการ เพื่อสรุปผลและนำเสนอผลการประเมินและข้อเสนอแนะต่อผู้บริหารต่อไป ส่วนผลการประเมินประจำปีการศึกษา 2561 ของคณะวิทยาศาสตร์ จัดอยู่ไหนเกณฑ์ดีมาก