"โครงการแก้มลิง" เป็นส่วนหนึ่งของโครงการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมพื้นที่ในเขตกรุงเทพฯและปริมณฑลตามแนวพระราชดำริ โดยประกอบด้วยโครงการขุดลอกคลองระบายน้ำและกำจัดวัชพืชโครงการปรับปรุงและก่อสร้างสถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำ ตามที่ได้เกิดสภาวะน้ำท่วมหนัก ในลุ่ม แม่น้ำเจ้าพระยาเมื่อ พ.ศ.๒๕๓๘ อันสืบเนื่องมาจากฝนตกหนักในลุ่มน้ำตอนบน
ทำให้ปริมาณน้ำจำนวนมากไหลหลากท่วมพื้นที่อย่างรุนแรงในลุ่มแม่น้ำยมและน่านเสริมกับปริมาณน้ำล้นอ่างเก็บน้ำ
เขื่อนสิริกิติ์ไปหลากท่วมพื้นที่ทางด้านท้ายน้ำอย่างหนัก และส่งผล กระทบต่สภาวะน้ำท่วมในแม่น้ำเจ้าพระยาตอนล่าง
ซึ่งรวมถึงเขตกรุงเทพฯและปริมณฑล เป็นเวลานานกว่า ๒ เดือน
       คืนวันที่ ๑๔ พฤศจิกายน ๒๕๓๘ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าหน้าที่ดูแลปัญหาน้ำท่วมเข้าเฝ้าฯ
เพื่อรับพระราชทานแนวพระราชดำริการป้องกันน้ำท่วม ในพื้นที่บริเวณกรุงเทพฯ และปริมณฑล
โดยทรงเปรียบเทียบการ กินอาหารของลิงหลังจากที่ลิง เคี้ยวกล้วยแล้วจะยังไม่กลืน แต่จะเก็บไว้ภายในแก้มทั้งสองข้างแล้วค่อย ๆ ดุนกล้วยมากินในภายหลัง
เช่นเดียวกับกรณีการผันน้ำจากแม่น้ำเจ้าพระยา รวมทั้งน้ำที่ขึ้นมาตามซอยต่าง ๆ เมื่อน้ำทะเลหนุนให้ไปเก็บไว้ที่บึงใหญ่
ที่อยู่ใกล้กับพื้นที่ชายทะเล และมีประตูน้ำขนาดใหญ่สำหรับปิดกั้นน้ำบริเวณแก้มลิงสำหรับฝั่งตะวันตกจะอยู่ที่คลองชายทะเล
ด้านฝั่งตะวันออกบริเวณแก้มลิงจะอยู่ที่คลองสรรพสามิต เมื่อเวลาน้ำทะเลลดลงให้เปิดประตูระบายน้ำออกไป บึงจะสามารถรับน้ำชุดใหม่ต่อไป